当以原大西军为主力的南明军队胜利进攻时，南明秦王政权——原大西军政权内部的政治危机也随之爆发。自兴朝二年（1649年），孙可望向南明永历朝求封秦王始，原大西农民政权及其军队，经历了逐渐封建化蜕变的过程。在此进程中，以朱朝宗（孙可望）为首的秦王政权与南明永历朝廷间两个中央既并存又斗争的矛盾，原大西农民军将士与其“统战”对象——南明各级文武及其政治立场间的矛盾，以及秦王朱朝宗（孙可望）与安西元帅李定国、抚南元帅刘文秀之间的上下级关系及其矛盾等，积聚日深。

走附大西军，大西军成为南明政权实际上的核心军政支撑力量。永历十一年（1657年），孙可望降清，张献忠另一义子、原大西安西王

在大西军政权领导层内部，孙可望不满足于大顺四年（1647年）初形成的四将军（艾能奇牺牲后，演变为三将军）集体领导体制，欲集威权以自专，其独断倾向与李定国、刘文秀维护分权制之间的矛盾也因此日渐加深。孙可望性格狭隘、偏私，且疑忌心重，为达目的不择手段，不顾及自己曾与李、刘二人同为张献忠义子的手足之情和多年的战友情谊，排挤、构陷李、刘二帅，加深了其与李、刘之间的嫌隙。此外，孙与李、刘三人在不同的政治道路上均日益蜕变，李、刘对孙可望以秦藩挟制（南明）朝廷，甚至欲取而代之的行为日加不满，其扶（南）明而背秦（西）之心日明，政治上的渐行渐远直至形同陌路，也使得孙与李刘两集团间的裂痕日益昭显，直到分道扬镳。

孙可望（即朱朝宗）对于南明永历朝廷，仅是利用其政治招牌及傀儡旗帜的关系。但孙可望缺乏坚定的政治原则与长远的全局洞察力，对继续以南明政权及其旗帜为号召日益缺乏热情。从请封南明的秦王藩属，到维系”秦国“中央、帝权自专，并欲彻底踢开南明永历朝廷而另建“后明”中央，政治野心日渐膨胀，终致不顾大局，毁弃张献忠生前遗命及其自己曾长期坚持的“联（南）明抗清”的战略国策，于国、于己，酿成无法挽回的重大政治恶果。

永历七年（1653年）夏，南明永历帝与秦王朱朝宗（孙可望）间的矛盾斗争加剧，永历遣密使赴李定国军中求援，李定国表示：“……怎忍久看陛下蒙羞，……孙可望为臣义兄多年，倘其不忠，臣宁负友，必不负君！”彻底倒向了永历帝一方。同年，朱朝宗觉察永历帝与李定国之间的秘密勾结，下令处决了包括首席大学士吴贞毓在内的永历朝十八名大臣。随即“定仪制、立太庙，庙享三主：太祖高皇帝（注：即明太祖朱元璋）主于中，张献忠主于左，而右则可望祖、父主也；拟改国号曰后明，日夜谋禅受”，加紧了篡夺南明中央政权的步伐。次年5月，朱朝宗不顾抗清大局，执意赴昆明“登基”。却因偶然的突遭雹雨而放弃了登基称帝的念头。